Esta iglesia de San Juan que fue terminada en el año 1584 y debe ser del mismo arquitecto que trazó el Templete del Papabellotas. En su aspecto exterior sólo merecen destacarse la portada de los pies y las de las naves laterales. Sin embargo la elevación del terreno incide de forma negativa en el aspecto exterior del monumento, ya que las portadas quedan semienterradas.
El interior resulta verdaderamente solemne. Su planta, de tipo basilical como todas las iglesias columnarias antequeranas, sigue el modelo de la Colegiata. En San Juan nos encontramos ante un imponente salón, en el que las tres naves quedan divididas por grandes columnas de orden toscano, sobre las que se apoyan una danza de tres arcos de medio punto a cada lado. La nave central se cubre con armadura de madera de estilo híbrido entre lo mujéjar y lo renacentista; es de planta ochavada y no lleva decoración de lazo. Las armaduras laterales son de colgadizo y sin mayor interés.

En la capilla mayor, poco profunda y precedida de pilastras toscanas y arco triunfal de medio punto, podemos admirar un bello retablo de estilo manierista, realizado en 1649 por el maestro Toribio Sánchez Calvo. Se trata de una traza muy sencilla y elegante, ideada para enmarcar una serie de composiciones pictóricas de gran tamaño y diversa procedencia